Doğal seleksiyon (doğal seçilim, doğal ayıklanma) (natural selection)

Doğal seleksiyon, doğada daimi bir yaşam mücadelesi olduğu ve bu mücadelede hayatta kalanların hep "güçlü ve doğal şartlara uygun" canlılar olacağı varsayımına dayanır. Örneğin yırtıcı hayvanların tehdidi altında olan bir geyik sürüsü içinde, doğal olarak hızlı kaçabilen geyikler hayatta kalacaktır. Doğal olarak da bir süre sonra bu geyik sürüsü hızlı koşabilen geyiklerden ibaret hale gelecektir.
Dikkat edilirse bu süreç, ne kadar uzun sürerse sürsün, geyikleri bir başka canlı türüne dönüştürmez. Zayıf geyikler elenir, güçlüler hayatta kalır; sonuçta geyiklerin genetik bilgisinde bir değişiklik olmadığı için bir "tür değişimi" gerçekleşmez. Geyikler ne kadar seleksiyona uğrarlarsa uğrasınlar, geyik olarak yaşamaya devam ederler.
Geyik örneği tüm türler için geçerlidir. Doğal seleksiyon vasıtasıyla sadece bir popülasyon içindeki sakat, zayıf ya da çevre şartlarına uymayan bireylerin ayıklanmasına vesile olur; yeni canlı türleri, yeni genetik bilgi ya da yeni organlar ortaya çıkarmaz. Yani doğal seleksiyon vasıtasıyla canlılar evrimleşmez. Darwin bu gerçeği "faydalı değişiklikler oluşmadığı sürece doğal seleksiyon hiçbir şey yapamaz" diyerek kabul etmiştir.136
Doğal seleksiyon, Darwin'den önceki biyologlar tarafından da bilinen, ancak "türlerin bozulmadan sabit kalmalarını sağlayan bir mekanizma" olarak tanımlanan bir doğal süreçtir. İlk kez Darwin, bu sürecin evrimleştirici bir gücü olduğu iddiasını ortaya atmış, tüm teorisini de bu iddiaya dayandırmıştır. Kitabına verdiği isim, doğal seleksiyonun Darwin'in teorisinin temeli olduğunu gösterir: "Türlerin Kökeni, Doğal Seleksiyon Yoluyla"
Günümüzün en ünlü evrimcilerinden Stephen Jay Gould Darwinizm'in bu büyük yanılgısı hakkında şunları söyler:

Darwinizm'in özü tek bir cümleye dayanır: Doğal seleksiyon evrimsel değişimde yaratıcı güçtür. Kimse doğal seleksiyonun zayıf olanın elenmesindeki rolünü inkar etmez. Ancak Darwin teorisi doğal seleksiyonun uygun olanı yaratmasını da istemektedir.137

Evrimci C. Loring Brace, American Scientist dergisinde yayınlanan bir makalesinde, Darwinizm'in bilimsel bulgular tarafından reddedildiğini ve doğal seleksiyonu da türleri oluşturan bir mekanizma olarak göremeyeceğimizi şöyle açıklar:

American Scientist okuyucuları, biyolojinin büyük bir kısmının ve paleontolojinin tamamının Darwin'in organik evrim hakkındaki görüşlerini reddettiğini fark etmiyor olabilirler. Doğal seleksiyon sadece "ince ayar" olarak görüldüğü için reddediliyor, adaptasyon ise pratikte kesinlikle geçerli görülmüyor.138